Фамилия Брусникин — из числа тех, что образованы напрямую от названия растения, а не от имени или профессии. Её основа — слово «брусника», и здесь есть две версии того, как именно это прозвище закрепилось за человеком.

Первая — самая простая и распространённая в народной этимологии: прозвище Брусника могли дать по внешнему сходству или по характеру. Скажем, за румянец, за небольшой рост или за «лесную» неуступчивость — так же, как называли Калиной, Малиной или Рябиной. В этом случае родители или окружающие желали ребёнку здоровья и связи с природой, чтобы он перенял от растения его живучесть и пользу.

Вторая версия — ремесленная. Брусника издавна ценилась как лекарственное растение: из ягод и листьев делали отвары, настойки, заваривали чай от простуды и авитаминоза. Поэтому прозвище Брусника могло закрепиться за знахарем, травником или просто человеком, который хорошо разбирался в сборе и заготовке лесных даров. Такая версия выглядит убедительнее, если учесть, что прозвища по занятию в русской ономастике встречаются чаще, чем чисто «растительные» по внешности.

По модели образования фамилия типична для центральной и северной России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — брусникин сын, то есть потомок Брусники). Встречаются и однокоренные варианты — Брусников, Брусничкин, но Брусникин — самый распространённый. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, но в XIX–XX веках Брусникины нередко встречались среди крестьян и мещан Вятской, Пермской и Костромской губерний — как раз там, где брусника была привычной частью быта и промысла.