Фамилия Бубей — редкий случай, когда основа настолько короткая, что разбор начинается с вопроса: это полное прозвище или усечённая форма? Скорее всего, перед нами прозвище от диалектного глагола «бубеть» — говорить невнятно, бормотать, ворчать. В псковских и тверских говорах «бубня» или «бубень» — ворчун, человек, который бубнит себе под нос. Фамилия Бубей могла закрепиться за таким человеком в качестве прозвища, а затем перейти к его детям без каких-либо суффиксов — так называемая «чистая» форма фамилии, которая встречается в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи.

Модель образования здесь нетипична для центральной России: суффикс -ей не является фамильным (как -ов или -ин), а входит в основу. Такие фамилии чаще встречаются на Украине и в Беларуси, где прозвища нередко переходили в фамилии без изменений. В украинском языке есть слово «бубей» — тот, кто бьёт в бубен, музыкант, играющий на бубне, или просто шумный, громкий человек. Это вторая версия: Бубей — прозвище барабанщика или скомороха. В пользу этой версии говорит то, что на западе Украины «бубей» фиксируется как прозвище именно музыканта.

Третья, менее очевидная, но возможная версия — связь с литовским корнем: в литовском языке «bubėti» означает гудеть, а «bubas» — пугало, страшилище. Учитывая, что фамилия встречается в Беларуси и на Смоленщине, где исторически сильны балтские влияния, не исключено, что прозвище пришло из литовского или жемайтского наречия.

География фамилии Бубей сегодня показывает два основных очага: запад Беларуси (Брестская, Гродненская области) и юг Украины (Одесская, Николаевская области). В России фамилия редкая, встречается в основном в Краснодарском крае и Ростовской области — вероятно, потомки переселенцев с Украины.

Самое любопытное в этой фамилии — её суффиксальная «нагота». В то время как большинство русских фамилий обросли окончаниями -ов/-ев, Бубей остался в той форме, в какой его дали в XVII–XVIII веках. Это говорит о том, что фамилия формировалась в среде, где патронимическая система (с отчествами на -ович/-евич) не была обязательной, — скорее всего, среди казачества или крестьян западных губерний.