Фамилия Будковец — редкий пример фамилии, образованной от топонима, но с необычным для славянской ономастики суффиксом. Чаще всего фамилии на -ец (вроде Донец, Ростовец, Могилевец) указывают на выходца из определённого места. Будковец, скорее всего, означает «человек из Будкова». Населённых пунктов с корнем Будк- в славянском мире несколько: деревни Будково есть в России (Смоленская, Псковская области) и в Беларуси (Витебская область). Основа этих названий — древнерусское слово «будка» (строение, сторожка, временное жильё) или «будовать» (строить, возводить). То есть Будково — поселение, возникшее как строительный посёлок или место для сторожевых будок.

Суффикс -ец в фамилиях — один из самых древних и продуктивных в восточнославянской ономастике. Он чаще встречается у украинцев и белорусов, чем у русских, и указывает на географическое происхождение носителя. В русском языке такие фамилии обычно оформлялись суффиксами -ов/-ев (Будков), -ин (Будкин) или -ский (Будковский). Будковец — явный «украино-белорусский» вариант, который мог возникнуть, когда предок переехал в другую местность и получил прозвище по покинутому селу. Похожая модель — фамилии Львовец, Житомирец, Полтавец.

Словообразовательно фамилия прозрачна: корень Будк- (от Будково) + суффикс -ец. Однако есть и альтернативная версия: основа могла быть не топонимом, а прозвищем. В говорах «будка» иногда означала не только строение, но и человека — например, того, кто живёт в стороне, «в будке», отшельника или сторожа. Тогда Будковец — это «сын Будка» (прозвище отца). Но эта версия слабее: суффикс -ец в отчествах редок и характерен скорее для польской традиции (Будкевич), а не для восточнославянской.

Социальный состав носителей фамилии Будковец — преимущественно крестьянский. В XIX веке такие фамилии фиксировались в основном в западных губерниях Российской империи: Могилёвской, Витебской, Киевской. Дворянских родов с этой фамилией не известно. Фамилия нечастая, встречается в основном в Беларуси, на Украине и в приграничных областях России.