Фамилия Будкова — женская форма, в основе которой лежит мужское прозвище Будок. Словообразовательная модель проста: к основе «Будок» добавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын или потомок Будка), а затем оформили женский вариант. Такая модель — одна из самых распространённых в русской антропонимии, особенно в северных и центральных регионах.

Что могло означать прозвище Будок? Тут есть две основные версии, и обе имеют право на жизнь. Первая отсылает нас к слову «будка» — небольшой постройке, будь то сторожевая, торговая палатка или полицейский домик в дореволюционной России. В таком случае Будком могли прозвать человека по профессии: строителя этих будок, плотника, или же того, кто в такой будке работал — сторожа, часового, торговца или полицейского. Это типичная «профессиональная» фамилия, каких в русском языке сотни.

Вторая версия ведёт происхождение от слова «буда» — так в старину называли лесное предприятие по выварке смолы и дёгтя, а иногда и селитряный завод. Соответственно, Будком могли прозвать рабочего такого завода. Эта версия менее очевидна на слух, но исторически правдоподобна: смолокурение было распространённым промыслом, и прозвища от «буды» встречаются в документах.

Какую из версий считать основной — вопрос открытый. Скорее всего, в конкретной семье значение зависело от местности и занятий предка. Словарь Б. Унбегауна, например, склоняется к «профессиональному» толкованию от «будки», но не исключает и связь с «будой». Важно другое: фамилия Будкова — не от имени, а от прозвища, что сразу говорит о социальном происхождении её первых носителей: скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по ремеслу или месту службы.