Фамилия Будорагина — женская форма фамилии Будорагин. Её основа — прозвище Будорага. В русских говорах слово «будорага» означало «беспокойный, шумный, суетливый человек», того, кто «будоражит» окружающих. Глагол «будоражить» (волновать, тревожить, поднимать шум) широко известен, а вот имя существительное от него — редкое, и именно оно легло в основу фамилии.

Суффикс -ага в прозвищах и фамилиях типичен для северных и северо-западных русских земель. Такие прозвища, как Ветряга, Гуляга, Рвачага, давали людям по яркой черте характера или поведению. Будорага — человек, который не давал скучать, постоянно что-то затевал, спорил или скандалил. Прозвище могло быть и ироничным, и уважительным, если речь шла об энергичном деятеле.

Сама фамилия Будорагин образована по стандартной русской модели: к основе Будораг- добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Будораги» или «из семьи Будораги». Форма Будорагина — женская, она закрепилась в документах за женщинами и детьми (по мужу или отцу).

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в центральной России, фамилии на -ин типичны для северных областей, а также для Поволжья. Географически Будорагины могли происходить, например, из Архангельской, Вологодской или Вятской губерний, где подобные «характерные» прозвища были распространены.

Спорных версий у фамилии немного: иногда её ошибочно связывают с тюркским корнем «будур» (лёд) или с диалектным «будыль» (стебель), но это натяжки. Самое прямое и прозрачное объяснение — от глагола «будоражить» и соответствующего прозвища. Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий не встречается, что делает её носителей носителями очень локальной и выразительной фамильной истории.