Фамилия Бударагина — женская форма фамилии Бударагин, которая образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин от прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я. В данном случае основа — «Бударага». Чтобы понять корень, стоит заглянуть в словари русских народных говоров.

Скорее всего, в основе лежит слово «будара» или «бударага». В диалектах русского языка «будара» — это небольшая лодка-долблёнка, выдолбленная из цельного ствола дерева, а также рыболовное судно на юге России (на Дону, Волге, Каспии). Суффикс -аг- (как в «ветряга», «двояга») придаёт слову разговорный, иногда пренебрежительный оттенок, но чаще просто указывает на предмет. Таким образом, «бударага» — это та же лодка, но, возможно, старая, неказистая или просто уменьшительно-пренебрежительное название.

Прозвище Бударага могли дать человеку по роду занятий — лодочнику, перевозчику, рыбаку, который постоянно имел дело с такой лодкой, или по внешнему сходству: неуклюжему, «тяжёлому на подъём» человеку, которого сравнивали с грубой, малоповоротливой посудиной. Вероятно, прозвище возникло в южнорусских регионах или в Поволжье, где лодки-будары были в ходу.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с тюркским корнем «буда» (пшеница, зерно) или «будай» (просо), но в таком случае форма «Бударагин» выглядит нехарактерно: тюркские основы обычно дают фамилии на -ов (-ев). Поэтому версия с лодкой остаётся основной.

Фамилия редкая, недворянская, скорее всего, принадлежала крестьянам или посадским людям. Встречается в основном в центральной России и на юге, но массового распространения не получила. В словарях фамилий (например, у Б. Унбегауна) она не упоминается, что указывает на её локальный и нечастый характер.