Фамилия Бударагин — типичный пример русской фамилии, образованной от личного прозвища. В её основе лежит прозвище Бударага, которое само по себе является фонетическим вариантом слова «будорага». Такая замена «о» на «а» — характерная черта «акающих» говоров, распространённых, например, в южнорусских и среднерусских диалектах. Именно эта региональная особенность произношения и закрепилась в фамилии.

Значение прозвища Бударага двояко. Первая, наиболее очевидная версия, связывает его со словом «будоражить»: так могли назвать беспокойного, шумного человека, который никому не даёт покоя. Однако есть и вторая, менее заметная гипотеза. В некоторых диалектах существовало слово «будара» — так называли лодку или челн. В таком случае прозвище Бударага мог получить не суетливый сосед, а вполне конкретный мастер по изготовлению лодок или рыбак. Оба варианта правдоподобны, и выбрать между ними без дополнительных сведений о конкретной семье сложно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бударагин буквально означает «сын Будараги» или «из семьи Будараги». Такая модель образования фамилий (от прозвищ на -а) широко распространена в русской ономастике. Сама фамилия Бударагин встречается нечасто, что делает её своеобразным маркером — она могла сохраниться в относительно замкнутой локальной группе, где прозвище было устойчивым. Точное место и время её возникновения установить трудно: процесс закрепления фамилий растянулся на несколько столетий, но можно предположить, что её корни уходят в северные или центральные регионы России, где «аканье» соседствовало с развитым речным промыслом.