Этимология фамилии Бугайцов восходит к личному прозвищу Бугаец или Бугай. Основа здесь — слово «бугай», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое известное из них — бык-производитель, некастрированный самец. Отсюда прозвище могли дать крупному, сильному или упрямому мужчине. Однако в южных и западных диалектах «бугаем» называли также птицу выпь — за её громкий, трубный крик. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком с низким голосом или вспыльчивым нравом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Бугай- добавился суффикс -ец (Бугаец — «сын или человек, связанный с Бугаем»), а затем патронимический суффикс -ов. Получается: Бугаец → Бугайцов. Буква «ц» в суффиксе перед окончанием -ов сохраняется, что и даёт характерное звучание. Встречается и вариант написания через «е» — Бугайцев, но форма с «о» (Бугайцов) фиксируется в документах XIX века как более архаичная.

Есть и бытовая версия, которую приводят некоторые краеведы: в ряде говоров «бугайцом» называли сарафан особого покроя. Это маловероятная основа для фамилии — прозвища по одежде обычно давали портным или тем, кто такую одежду постоянно носил, но для «бугайца» таких устойчивых свидетельств нет. Основная версия — прозвище по животному или птице — остаётся основной.

Фамилия редкая. Её география тяготеет к южнорусским и украинским землям, где слово «бугай» было в ходу. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются отдельные упоминания Бугайцовых среди однодворцев и казаков — то есть свободных, но недворянских сословий. В дворянских родословных фамилия не зафиксирована.

Фамилия Бугайцов — живой след народной речи, закрепивший за родом образ, связанный с силой, упрямством или громким голосом предка.