Фамилия Бугин образована от прозвища Буга. В говорах «бугой» называли низменные берега рек, которые весной заливает половодье. В. И. Даль уточнял, что на такой полосе вода перебуравливает лес, образует овраги и наклоняет поросль по течению. Скорее всего, прозвище получил человек, живший в пойме реки или владевший таким угодьем — сырым, поросшим ивняком и осокорником берегом.

Фамилия построена по простой и распространённой модели: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Бугин, то есть сын или потомок Буги). Такая модель типична для северных и центральных областей России. В южных регионах чаще встречалась бы форма Бугов.

Версия о связи фамилии с диалектным «буга» — наиболее правдоподобная. Альтернативные гипотезы (например, от тюркского «буга» — «бык») менее убедительны, поскольку не объясняют мягкого произношения корня и не подтверждаются географией фамилии. Бугины встречаются в основном в Поволжье и центральных областях, где слово «буга» в значении «пойменный берег» как раз было в ходу.

Встречается также вариант с ударением на первый слог — Бугин, что характерно для фамилий, образованных от двусложных прозвищ. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: прозвище не указывает на знатное происхождение, но и не ограничивает его рамками одного крестьянского сословия. В документах XVII—XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с этой фамилией, но специальных генеалогических исследований по роду Бугиных пока нет.