Фамилия Бугинов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранило почти первозданный звуковой облик. Она образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, то есть отвечает на вопрос «чей?» и буквально означает «сын Бугина». А вот что скрывается за основой Бугин — тут есть несколько версий, и самая прямая ведёт к слову «бугай».

В диалектах «бугай» — это не только некастрированный бык, но и сильный, грузный, упрямый мужчина. Прозвище Бугай давали человеку крупного телосложения, с тяжёлым характером или просто деревенскому силачу. От него через притяжательную форму Бугин (с усечением конечного -й) и возникла фамилия. Закономерность простая: как Соловей — Соловьёв, так Бугай — Бугин, а уже от Бугина — Бугинов. Подтверждение этой версии находим в фамилиях Бугаев, Бугай, Бугайчук, которые фиксируются по всей России и Украине; Бугинов — их более редкий морфологический вариант.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркским словом «буга» (бык) или с древнетюркским именем Буга, которое входило в состав двусоставных имён у народов Поволжья. Однако в русской среде такое имя почти не встречалось, а фамилия Бугинов имеет чётко славянский суффикс, что указывает на внутрирусское происхождение от прозвища, а не на заимствование готового антропонима.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Ростовской, Волгоградской, Краснодарскому краю, где диалектное слово «бугай» было в ходу. Встречается она и в Сибири, куда её могли занести переселенцы из чернозёмных губерний в XIX веке.

По сословной принадлежности предки Бугиновых, скорее всего, были крестьянами или казаками. Прозвище Бугай редко давали людям знатного происхождения — оно слишком бытовое, привязанное к деревенскому обиходу. Фамилия не получила широкого распространения, поэтому её носители, вероятно, происходят из одного или нескольких близких родов, разошедшихся по стране в ходе аграрных переселений.