Фамилия Бухаков, на первый взгляд, кажется прозрачной и связанной с глаголом «бухать» (пить, издавать глухой звук), но на деле её корни уходят в дохристианские имена и прозвища, а не в современные ассоциации.

Самая вероятная версия — происхождение от древнерусского нецерковного имени Бухало или Бухак. В старину так могли прозвать человека за громкий голос, шумное поведение или склонность к неожиданным, «бухающим» поступкам. В этом случае фамилия образована по стандартной патронимической модели: прозвище Бухак плюс притяжательный суффикс -ов, то есть «сын Бухака». Форма Бухаков — типичная для северных и центральных областей России, где преобладал суффикс -ов, в отличие от южных -ин или -енко.

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия связывает основу с диалектным словом «буха» — так в некоторых говорах называли сову или филина. Прозвище могли дать человеку с большими глазами или привычкой кричать по ночам. В пользу этой гипотезы говорит то, что в ономастике фамилии от названий птиц встречаются часто (Соколов, Орлов), а «буха» — редкий, архаичный вариант.

Прямой связи с глаголом «бухать» в значении «пить» у фамилии, скорее всего, нет. Эта ассоциация возникла позже, в XX веке, когда исходное имя Бухак вышло из употребления. В документах XVI–XVII веков, например, в актах по Новгороду и Вологде, встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Бухало, что указывает на безобидное звукоподражательное происхождение, а не на пьянство.

Фамилия редкая, не аристократическая. Её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками из центральной России или Поволжья. Встречаются варианты написания Бухаков и Бухак (украинский след), но последний менее характерен.