Фамилия Бухарункова — редкий случай, когда географическое название легло в основу не напрямую, а через прозвище, и при этом сохранило редкий суффикс. Разбираем её по косточкам.

Корень здесь — «Бухар-». Самая очевидная версия: от названия среднеазиатского города Бухара. Но в русских фамилиях редко встречается прямое «географическое» прозвище в чистом виде. Скорее всего, предка носителя фамилии прозвали Бухарунком — «человеком, который бывал в Бухаре, торговал с Бухарой или имел внешность, напоминающую жителя тех краёв». Суффикс -унок в русских прозвищах встречается нечасто и обычно придаёт слову оттенок уменьшительности или принадлежности к чему-то (сравните: «сынок» — «сын», но «бухарунок» — скорее «маленький бухарец» или «тот, кто связан с Бухарой»). Это нестандартная модель: чаще мы видим «Бухарин» или «Бухаров», а тут именно прозвищная форма с редким суффиксом.

Вторая, менее вероятная версия — от личного имени Бухар. В дохристианской Руси такое имя могло быть связано с тюркским словом «бухар» (бык, самец) или с арабским «бухари» (учёный из Бухары). Но в этом случае фамилия скорее звучала бы как Бухаров или Бухарин. Форма Бухарунков говорит о том, что прозвище Бухарунок было активно в быту.

Суффикс -ов в окончании фамилии (Бухарунков-а) — типичный русский патронимический показатель, указывающий на принадлежность: «сын Бухарунка». Фамилия явно крестьянская или купеческая, а не дворянская — такие прозвища, образованные от географических названий, часто давали людям, которые много путешествовали или торговали.

Регионально фамилия редкая, но по косвенным данным (через однокоренные «Бухарин», «Бухаров») может быть связана с южнорусскими областями, где были торговые пути в Среднюю Азию, или с Поволжьем, где жили татары и башкиры, контактировавшие с Бухарой. В любом случае, носитель фамилии Бухарункова — потомок человека, которого в деревне или городе выделяли по связи с далёкой Бухарой.