Фамилия Бухарина имеет несколько возможных значений, и разобраться в них помогает география и история. Самая распространенная версия связывает ее с диалектным словом «бухара» — так в севернорусских говорах называли пчелу или шмеля. Отсюда возникло прозвище Бухарь, которое давали трудолюбивому, хозяйственному человеку. Это объяснение кажется наиболее естественным для русской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Бухаря).

Другая версия отсылает к среднеазиатскому городу Бухара и одноименному ханству. В этом случае фамилию могли дать переселенцу с Востока или человеку, который торговал с теми краями. Этимология самого топонима спорная: его связывают то с древнеиндийским «буддийская обитель», то с арабским «беднота». Однако для русского крестьянского или служилого человека прозвище по названию далекого города — менее вероятный сценарий, чем бытовое диалектное слово.

Стоит добавить, что в русских говорах у слова «бухара» были и другие значения. В Новгородской земле так называли пустошную, запольную землю, в тверских краях — сенокос в лесу, а на Кавказе — камин или очаг. Каждое из этих значений могло стать основой для прозвища, но какое именно сработало в конкретном случае, определить уже невозможно.

Известен старинный дворянский род Бухариных. По официальным данным, родоначальником считается Евтифей Иванович Бухарин, получивший поместье в 1564 году. В родословную книгу Харьковской и Новгородской губерний записано потомство Никиты Семеновича, испомещенного в 1649 году. От его сына Евсея пошли видные фигуры: генерал-майор Григорий Иванович Бухарин, член Адмиралтейств-коллегии; гродненский и киевский губернатор Иван Яковлевич Бухарин; рязанский губернатор Яков Яковлевич Бухарин; гофмейстер и тайный советник Николай Иванович Бухарин. Таким образом, фамилия могла закрепиться и за потомками служилых людей, и за человеком, которого в деревне прозвали Бухарем за пчелиное трудолюбие.