Фамилия Бунегина, как и большинство русских фамилий на -ин, образована от прозвища или мирского имени Бунега. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бунегина — это «дочь (или жена) Бунеги». В основе фамилии лежит древнерусский корень «бун-», который породил целое гнездо слов с разными, порой противоположными, значениями.

Первая и наиболее распространённая версия связывает прозвище Бунега со словом «буня». Так в старину называли человека вспыльчивого, гордого или спесивого. В этом случае родоначальник получил прозвище за свой крутой нрав: «Ну и буня!» — говорили про того, кто легко закипал и не терпел возражений. Вторая версия отталкивается от диалектного глагола «бунить», что значит «гудеть, мычать, реветь». Здесь смысл меняется на противоположный: Бунегой могли прозвать человека с монотонной, тягучей речью или, наоборот, громогласного крикуна.

Есть и третий, менее очевидный вариант: прозвище могло быть связано с устаревшим словом «буня» в значении «укладка снопов» или «копна». Если это так, то прозвище носило профессиональный оттенок и относилось к крестьянину, занятому уборкой урожая. Однако эта версия менее популярна в ономастике, чем две первые, основанные на человеческих качествах.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Бунегина — типичный пример «прозвищной» фамилии, где основа не является крестильным именем. Такие фамилии часто встречаются в северных и центральных регионах России, где бытовали соответствующие диалекты. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от имен и прозвищ на твердый согласный, форма на -ин указывает на основу, заканчивающуюся на -а или -я, что и дало форму Бунега.

Таким образом, предки современных Бунегиных, скорее всего, были людьми с ярко выраженным темпераментом — либо «бунями» (гордецами и задирами), либо «бунями» (монотонными говоруньями). Фамилия закрепилась за потомками по мужской линии, а в женской форме — Бунегина — дошла до наших дней, сохранив в себе отголосок старинного прозвища.