Фамилия Бунегина образована от прозвища Бунега. Вполне возможно оно ведет свое начало от старинного слова «буня» - так в старину называли вспыльчивого, гордого человека. Поэтому прозвище могло быть связано с чертами характера родоначальника. Существует и другая версия, согласно которой в основе этого прозвища лежит диалектный глагол «бунить» - «гудеть, мычать, реветь». В этом случае прозвище Бунега могли дать человеку с тихой, медленной речью. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бунега, со временем получил фамилию Бунегина.