Фамилия Бунегин образована от прозвища Бунега. Его происхождение спорно, и на этот счёт есть две основные версии. Первая отсылает к старинному слову «буня» — так в некоторых говорах называли спесивого, гордого человека. Прозвище могло закрепиться за родоначальником из-за его характера. Вторая версия связывает прозвище с диалектным глаголом «бунить» — то есть «гудеть, мычать, реветь». В этом случае Бунегой могли прозвать человека с невнятной, неразборчивой речью или того, кто говорил слишком громко.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Бунегин укладывается в типичную для русских фамилий схему: основа (прозвище Бунега) плюс притяжательный суффикс -ин. Такая модель чаще всего встречалась в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов. Суффикс здесь указывает на принадлежность: «чей?» — «Бунегин», то есть сын или потомок Бунеги.

Само прозвище Бунега могло иметь и более конкретное, бытовое значение. В некоторых русских диалектах «буня» — это не только спесивец, но и ворчун, брюзга. Таким образом, прозвище могло указывать на определённый склад характера, причём необязательно отрицательный: в крестьянской среде меткое прозвище часто давали за яркую, запоминающуюся черту.

В исторических документах фамилия Бунегин встречается относительно редко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она сформировалась в среде крестьян или посадских людей, где прозвища были основной формой именования до введения обязательных фамилий. Географически фамилия тяготеет к северо-востоку России — в Вятской и Пермской губерниях, где суффикс -ин особенно распространён, а диалектная лексика сохраняла такие слова, как «буня» и «бунить».