Фамилия Бунегины — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. Основа у неё одна — прозвище Бунега, от которого с помощью типичного русского суффикса -ин и образовалась фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бунегин — это «сын Бунеги», «человек из рода Бунеги». Модель простая и очень распространённая в северных и центральных областях России.

Самая прямая версия связывает прозвище Бунега со старинным словом «буня». В народной речи так называли человека спесивого, надменного, гордого. Прозвище могло закрепиться за родоначальником как характеристика его нрава — не обязательно обидная, скорее меткая. Такие прозвища по чертам характера давали часто и они легко становились фамилиями.

Есть и другая, не менее интересная версия. В русских говорах бытовал глагол «бунить» — гудеть, мычать, реветь. Если принять эту основу, то Бунегой могли прозвать человека с невнятной, громкой или монотонной речью. Диалектная лексика вообще часто давала прозвища по особенностям голоса или манеры говорить, и фамилии на -ин от таких основ не редкость.

Обе гипотезы имеют право на существование, и без точных записей XVI–XVII веков выбрать между ними сложно. Но обе они укладываются в логику русской антропонимии: прозвище → отчество в форме притяжательного прилагательного → фамилия. Точное место и время возникновения фамилии Бунегины сейчас установить трудно — процесс шёл несколько столетий, и одна и та же фамилия могла появиться независимо в разных уездах. Но сам факт, что она сохранилась, говорит о том, что прозвище Бунега когда-то было достаточно ярким, чтобы закрепиться за целым родом.