Фамилия Бунке — редкий для России пример, где иностранная основа почти не изменилась при переносе в русскую среду. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, -ин или -ский, Бунке стоит особняком: это фамилия немецкого происхождения, закрепившаяся в остзейских губерниях и позже попавшая в другие регионы империи.

Корень фамилии восходит к нижненемецкому слову «Bunke» — уменьшительной форме имени Бунно (Bunno) или к прозвищу человека коренастого, крепкого телосложения (от средневерхненемецкого «bunge» — ком, утолщение). В ономастике известен также вариант, при котором Бунке — это краткая форма от имени Бонифаций или Буркхард, популярная в среде немецких колонистов. Фамилия не получила славянского суффикса, потому что попала в Россию через прибалтийских немцев, у которых патронимические окончания не были обязательны.

В Российской империи носители фамилии Бунке встречались в основном среди лютеранского мещанства и купечества, особенно в Лифляндии, Курляндии и в Петербурге. После революции часть семей эмигрировала в Германию, а часть осталась, и фамилия постепенно русифицировалась в произношении — ударение часто смещалось на последний слог.

Сегодня фамилия Бунке остается одной из тех, что не поддаются однозначной этимологии: слишком короткая основа, слишком много возможных германских корней. Но ясно одно — предки носителя этой фамилии почти наверняка были выходцами из немецкоязычной среды, и их прозвище закрепилось в том виде, в каком его услышали при переписи.