Фамилия Бунковский образована по продуктивной модели на -ский, которая в XVI–XIX веках чаще всего указывала на дворянское происхождение или принадлежность к географическому объекту. Однако в случае Бунковских возможен и более простой путь: такую фамилию мог получить выходец из села или местечка с названием Бунково, Бунков или Бунки. Подобные топонимы встречаются в западных регионах бывшей Речи Посполитой, особенно на территории современной Беларуси и Украины. Если это так, то предок носителя фамилии был либо владельцем такого поселения, либо его уроженцем — и тогда фамилия отвечала на вопрос «откуда родом».

Основа Бунк- неоднозначна. В славянских говорах слово «бунка» могло означать «бугор», «возвышение» или «куча» — отсюда и название деревни на холме. Но есть и антропонимическая версия: Бунко — это уменьшительная форма от имени Богдан, Бонифатий или даже от прозвища Бунт (непокорный, бунтарь). В этом случае фамилия Бунковский означает «сын Бунка» или «потомок Бунко», а суффикс -ский добавился уже по шляхетской моде, чтобы придать фамилии более благородное звучание.

Интересно, что фамилия Бунковский встречается в двух основных ареалах: на западе современной России (Смоленская, Брянская области) и в Польше, где она пишется как Bąkowski или Bunkowski. Польский вариант Bąkowski происходит от слова bąk — «шмель» или «овод», что указывает на прозвище человека надоедливого или неугомонного. Русская же форма Бунковский, скорее всего, сохранила более древнее белорусское произношение, где носовой звук перешёл в «у».

В дореволюционной России фамилия не была массовой. Её носители чаще всего принадлежали к мелкопоместному дворянству или духовенству — именно эти сословия активно использовали фамилии на -ский, чтобы подчеркнуть свой статус. Встречаются Бунковские и среди однодворцев — потомков служилых людей, которые после закрепощения оказались на границе между крестьянами и дворянами.