Фамилия Бурдакин принадлежит к распространённому в России типу «профессиональных» прозвищ, но с неожиданным поворотом. В её основе лежит слово «бурда» — так в старину называли мутную, невкусную жидкость, похлёбку или баланду. Соответственно, Бурдакой могли прозвать того, кто постоянно ел или варил такую еду — либо человека с дурным вкусом, либо, что вероятнее, повара или кашевара, работавшего в артели, на промысле или в солдатском быту. В говорах слово «бурдак» встречается и как синоним бродяги или неопрятного человека, но первичным всё же остаётся бытовое, «кухонное» значение.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Бурдакин — сын Бурдаки. Такая модель образования была типична для северных и центральных губерний России, где фамилии на -ин давали по прозвищу отца без промежуточных форм. Интересно, что фамилия могла возникнуть и в среде однодворцев — особого сословия южных окраин, где прозвища часто отражали не столько ремесло, сколько насмешливую характеристику. В этом случае Бурдакин мог быть потомком человека, которого дразнили за пристрастие к жидкой похлёбке.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда её пытаются связать с тюркским «бурдак» — «кувшин», но это натяжка: в русских говорах слово «бурдак» в значении сосуда почти не фиксируется, а фамилии от названий посуды образуются иначе (Кувшинов, Горшков). Гораздо вероятнее, что перед нами чисто славянское образование от качественного прозвища, которое со временем утратило свой уничижительный оттенок. В словаре Б. Унбегауна подобные фамилии от названий еды и питья отнесены к разряду бытовых, но нередких.

Географически фамилия Бурдакин встречается в основном в Поволжье и на юге России — в Волгоградской, Ростовской, Саратовской областях. Это косвенно подтверждает версию о её происхождении в среде казачества или крестьян-однодворцев, где прозвища давали метко и без ложной скромности. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии фигурируют как государственные крестьяне и мещане — то есть люди свободные, но незнатные. Дворянских родов Бурдакиных не зафиксировано, что лишний раз говорит о народных корнях фамилии.