Фамилия Бурдаковы — одна из тех, где ясна словообразовательная модель, но спорна исходная основа. Она образована стандартным русским патронимическим суффиксом -ов, который присоединили к личному прозвищу Бурдак. Фамилия значит «сын Бурдака» и относится к самому массовому типу русских фамилий.

Прозвище Бурдак, скорее всего, связано с нарицательным «бурда». Так называли мутный, некачественный напиток, болтушку или грязную воду. Прозвище могли дать человеку, который варил или пил такую бурду, либо неряхе, который ходил неопрятным. Менее убедительна версия, что Бурдак произошёл от слова «бурды» — так в некоторых говорах называли бакенбарды. Тогда прозвище получил бы обладатель густых или длинных бакенбард. Эта гипотеза слабее, потому что «бурды» — узко диалектное слово, а «бурда» общеславянское и встречается в источниках гораздо раньше.

В ономастике фамилия Бурдаков упоминается в работах Б. Унбегауна и В. Никонова как пример прозвища от бытового термина. Интересная деталь: в польской традиции «burda» означает «ссора, драка», и фамилия Бурдак могла бы иметь польские корни со значением «задира». Но для русской фамилии основным остаётся связь с напитком или неопрятностью.

Географически Бурдаковы чаще встречаются в южнорусских областях — на Дону, Кубани, в Воронежской области. Там слово «бурда» было в ходу в значении «похлёбка» или «грязь». Среди Бурдаков были крестьяне и казаки, и фамилия не указывает на дворянское происхождение. О точном времени её появления сейчас сказать сложно: фамилии в крестьянской среде закреплялись в XVII–XIX веках, но письменных подтверждений для конкретного рода Бурдаковых нет.