Фамилия Бурганеев образована от тюркского имени или прозвища Бурган, Бургана. Основа «бурган» в тюркских языках имеет несколько значений, и разобраться в них — ключ к пониманию фамилии. Самое распространённое — «смерч», «вихрь», «ураган» (сравните с русским «буран»). В переносном смысле так могли назвать вспыльчивого, стремительного или шумного человека. Вторая версия: в некоторых тюркских диалектах «бурган» — это «родник», «ключ» (от глагола «бурга» — «бить ключом»). Тогда прозвище могло указывать на место жительства у родника или на человека, который «пробивается» в жизни.

Суффикс -еев указывает на русскую патронимическую модель: фамилия образована как «сын Бурганея». Форма Бурганей — это адаптация тюркского имени Бурган под русскую грамматику (с окончанием -ей, как у имён Андрей, Матвей). Изначально фамилия должна была звучать как Бурганеев, но под влиянием произношения (редукция гласных) на письме закрепился вариант с -еев. Менее вероятная, но возможная версия: фамилия восходит к имени Бурганай, где -ай — уменьшительно-ласкательный тюркский аффикс.

Географически фамилия Бурганеев тяготеет к регионам, где издавна жили тюркские народы, принявшие православие: Поволжье (особенно бывшая Симбирская и Казанская губернии), Приуралье, юг Сибири. Носители фамилии — это, скорее всего, потомки крещёных татар, чувашей или башкир, у которых русские чиновники записывали тюркские имена с типичными русскими фамильными суффиксами.

Словообразовательный разбор прост: Бурган — основа, -ей — интерфикс (соединительный элемент), -ев — собственно фамильный суффикс. Сравните с однокоренными фамилиями: Бурганов (с более частым суффиксом -ов), Бурганаев, Бурганин. Вариант Бурганеев — самый редкий, и его отличительная черта — именно двойная адаптация: сначала тюркское имя оформили по русскому образцу как Бурганей, а потом прибавили -ев. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в среде, где русский язык уже был родным, но тюркское имя ещё помнили.

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или мещанским. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что типично для фамилий, образованных от простонародных прозвищ. В документах XVII–XIX веков её можно найти среди крестьян Симбирской губернии, что подтверждает версию о происхождении от прозвища, а не от канонического имени.