Фамилия Бургуто — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий, она не образуется по стандартной модели с суффиксами -ов, -ин или -ский. Её окончание -о наводит на мысль о западнославянском или южнославянском влиянии, а также о возможном белорусском или украинском следе, где такие окончания встречаются чаще.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем или именем, образованным от итальянского «borghetto» — «маленький городок», «предместье». В этом случае Бургуто могло быть прозвищем человека, который жил на окраине, в слободе, или же происходил из местечка с похожим названием. Такое прозвище могло закрепиться за переселенцем или купцом, имевшим связи с итальянскими землями, что в истории России не редкость для эпохи итальянского влияния в архитектуре и торговле.

Вторая, более прозаичная гипотеза отталкивается от диалектных слов. В некоторых русских говорах «бургута» или «бургутить» могло означать «ворчать», «бормотать» или «шуметь». Если это так, то фамилия образована от прозвища неспокойного, ворчливого или громкоголосого человека. Однако эта версия менее подкреплена лексикографическими источниками и остаётся предположительной.

Словообразовательная модель фамилии нестандартна. Отсутствие привычного русского суффикса указывает на то, что фамилия, скорее всего, не прошла полную русификацию и сохранила исходную форму прозвища. Это может говорить о её позднем закреплении в документах или о том, что носители происходили из среды, где фамилии оформлялись не по московскому образцу, а по местной традиции (например, в среде казачества или мелкой шляхты).

Географически фамилия Бургуто встречается единично, преимущественно на юге России и в Сибири — регионах, куда активно переселялись люди из западных губерний и где фамилии с «нестандартными» окончаниями приживались лучше. В дореволюционных справочниках она не фиксируется, что делает её типичным примером «народной» фамилии, возникшей в крестьянской или мещанской среде без участия канцелярии.