Фамилия Бурнханов — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основа здесь — топоним Бурнханово или Бурнхан, а не личное имя или прозвище. В русской ономастике фамилии на -ов/-ев, образованные от названий деревень, сёл или хуторов, — обычное дело, но в данном случае исходное название почти наверняка нерусское. Скорее всего, это ойконим тюркского или бурятского происхождения, где «бурхан» — «бог», «божество» (в монгольских и бурятских языках), а «-ан» — возможно, уменьшительный или принадлежащий суффикс. То есть Бурнханов — буквально «из местности, связанной с божеством» или «из села Бурнхан».

Версия с прозвищем от тюркского «бурхан» (жертвоприношение, идол) или от арабского «бурхан» (доказательство, аргумент) выглядит слабее: суффикс -ов в таком случае образовывал бы фамилию от имени Бурхан, и тогда мы бы имели Бурханов, а не Бурнханов. Появление дополнительного «н» в середине — характерный признак адаптации топонима: название села или урочища (Бурнхан) дало форму «Бурнханов» по модели «Иваново → Иванов».

Если смотреть на ареал, фамилия встречается в основном в Татарстане, Башкортостане и у сибирских татар, реже — у казахов и башкир. Это указывает на то, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, переселившимися из конкретной деревни. То есть фамилия не столько «говорит» о занятии или характере, сколько служит меткой: «откуда родом». В этом её главная особенность — она сохранила память о топониме, который мог уже исчезнуть с карт.