Фамилия Чаганов — одна из тех, где за простой на первый взгляд основой скрывается сразу несколько возможных значений. Самая вероятная версия ведёт к тюркскому слову «чаган» — это название белой акации или, в некоторых диалектах, кустарника. Прозвище Чаган могли дать человеку, жившему в зарослях этого растения, либо тому, кто торговал древесиной акации или делал из неё поделки. Такой корень характерен для южнорусских и поволжских регионов, где активно шло смешение с тюркскими народами.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Чаганов — «сын или потомок Чагана». Формально фамилия вписывается в самый распространённый русский тип, но основа у неё нерусская. Интересно, что в татарском и башкирском языках «чаган» также имеет значение «клён» (иногда «клён татарский»), так что прозвище могло быть связано и с этим деревом.

Есть и менее очевидная, но правдоподобная версия: от древнетюркского имени Чаган, которое восходит к титулу «чаган» — военный предводитель, ханский наместник. В таком случае фамилия сохранила память не о растении, а о социальном статусе предка. Подобные имена-титулы не редкость у народов, входивших в ордынскую или постордынскую элиту, и позже они переходили в русские фамилии при обрусении.

Географически Чагановы чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в среде поволжских татар и башкир, принявших православие. В русском контексте фамилия могла возникнуть и без прямого тюркского родства — через прозвище от диалектного слова «чаган», которое в некоторых говорах означало «болтун, пустомеля», но эта версия поддерживается слабее: слишком узкая и малодокументированная.

В старых писцовых книгах и ревизских сказках Чагановы встречаются с XVII века, в основном среди служилых людей и крестьян южных окраин. Фамилия не относится к аристократическим, но и не была исключительно крестьянской — встречалась у казаков и мелкопоместных дворян, особенно в Уфимской и Оренбургской губерниях.