Фамилия Чегоняев — редкий пример, где основа угадывается не сразу, а суффикс указывает на нестандартную модель образования. Перед нами не типичное отчество от крестильного имени, а прозвище, превратившееся в фамилию через довольно сложную словообразовательную цепочку.

Корень здесь — «чегоня». В русских говорах, особенно вологодских и архангельских, «чегоня» или «чагоня» — бойкий, суетливый человек, непоседа. Слово, скорее всего, звукоподражательное, от «чега» (звук, стук) или «чеботать» (хлопотать, стучать обувью). Прозвище Чегоня давали тому, кто везде поспевал, громко топал или постоянно чем-то стучал, суетился. В некоторых диалектах «чегоня» — ещё и кличка для лошади, норовистой или резвой, что тоже могло перейти на человека.

Суффикс -ев указывает на притяжательную форму: «чей?» — Чегоняев, то есть сын или потомок Чегони. Но любопытно, что в фамилии сохранился нередуцированный гласный «я» в суффиксе, хотя по правилам русского языка после шипящих под ударением должно быть «о» (ср. Чегонёв). Это либо след западного или южного говора, где «я» произносили чётко, либо более позднее закрепление на письме, когда фамилию записали «как слышали» в документах XVIII–XIX веков. Вариант Чегонёв тоже встречается, но реже.

География фамилии узкая. Основные очаги — Тамбовская и Рязанская области, а также Поволжье (Самарская, Саратовская губернии). Тамбовские Чегоняевы часто были крестьянами-однодворцами, потомками служилых людей, охранявших южные рубежи. Это объясняет и прозвище: в пограничной полосе «чегоня» — бдительный, подвижный человек, которому не сидится на месте, — был в цене.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Чеганов, Чегонягин, Чегоньков) показывает, что «чегоня» — живое прозвище, а не книжное имя. Никакой связи с тюркскими или иными корнями здесь нет, несмотря на созвучие с «чегон» (некоторые исследователи ошибочно выводят фамилию от тюркского «чигун» — «воин»). Русская диалектная основа подтверждается и тем, что слово «чегоня» зафиксировано в словарях народных говоров именно в значении «непоседа».

Таким образом, Чегоняев — фамилия-прозвище, образованная от характеристики человека: суетливого, быстрого, может быть, шумного. Носитель этой фамилии, скорее всего, потомок южнорусского или поволжского крестьянина, получившего меткое уличное прозвище, которое закрепилось в документах в необычной фонетической форме.