Фамилия Чекота — редкий случай, когда разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Окончание -а в русских фамилиях обычно указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение. В украинском и белорусском языке суффикс -от- (-ота) характерен для прозвищ, образованных от глаголов или прилагательных: «чекотать» — то есть стрекотать, щебетать, издавать частые звонкие звуки. Это слово родственно диалектному «чекать» — стучать, цокать, а также «чечётка» (птица и танец). Таким образом, Чекота — это прозвище говорливого, бойкого человека, который «чекочет» без умолку, или, возможно, мастера, работа которого связана с ритмичным стуком (кузнеца, плотника).

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая для западных регионов: основа от тюркского «чек» (граница, рубеж) с местным суффиксальным оформлением. Однако фонетика фамилии (звук «ч» в начале, ударение на последний слог) типична именно для восточнославянских говоров, а не для тюркских заимствований, которые обычно дают фамилии на -ов/-ев.

Географически фамилия Чекота встречается преимущественно в Украине (Черкасская, Киевская области) и на юге России, что подтверждает её связь с украинской словообразовательной моделью. В польском языке есть схожая фамилия Czekota, но там корень может восходить к «czekać» (ждать) — это отдельная линия, не пересекающаяся с восточнославянской.

Социальный контекст прост: прозвище Чекота могли дать не только болтуну, но и человеку с быстрой, отрывистой речью или характерным смехом. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались у реестровых казаков и мещан, то есть у свободного, но не дворянского населения. Фамилия не получила дворянского суффикса -ский, что указывает на её крестьянские или казачьи корни. Никаких известных исторических деятелей с этой фамилией не сохранилось, поэтому её ценность именно в бытовом, звукоподражательном происхождении.