Фамилия Чепукова — женская форма фамилии Чепуков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Чепук. Самое простое и прямое объяснение лежит на поверхности: в русских говорах «чепук» или «чепак» — это нечто мелкое, вздорное, пустяковое. Слово «чепуха» здесь — ближайший родственник. Прозвище Чепук могли дать человеку легкомысленному, говорливому не по делу или тому, кто занимался ерундой, пустяками.

Однако есть и другая, более конкретная версия, связанная с ремеслом. В некоторых диалектах «чепук» означало деревянную посуду — ковш, чашку, черпак. Отсюда прозвище мог получить мастер, который такие ковши вырезал, или торговец деревянной утварью. Эта версия правдоподобнее первой, потому что фамилии от названий профессий и орудий труда встречаются чаще, чем от абстрактных качеств. Если предок занимался конкретным делом — точил чепуки, — прозвище закреплялось надёжнее.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Чепуков — сын Чепука. Фамилия не аристократическая, не княжеская, а скорее крестьянская или мещанская, каких большинство. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Вологодской, Архангельской, Костромской, где деревянная утварь была в ходу, а слово «чепук» в значении «ковш» ещё помнят старожилы.

Встречается и вариант написания с буквой «а» — Чапуков, что связано с аканьем: в безударной позиции «е» и «а» звучали одинаково, и на письме это отражалось. Поэтому в старых переписях одна и та же семья могла записываться по-разному. Редкий случай, когда фамилия одновременно и проста для интуитивного понимания («от чепухи»), и хранит в себе забытое ремесленное слово.