Фамилия Чепукина — женская форма фамилии Чепукин, и её разбор стоит начать с суффикса. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в XV–XVII веках так образовывали притяжательные прилагательные от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Чепукин — буквально «сын Чепуки» или «человек из рода Чепуки». Форма на -ин — одна из самых распространённых в северных и центральных русских землях, в отличие от южного -ов.

Основа фамилии — прозвище Чепука. В русских говорах слово «чепука» (или «чепуха») означало вздор, ерунду, пустяк. Однако прозвище Чепука вряд ли давали болтуну или пустомеле — скорее, с иронией или насмешкой. В старину прозвища часто носили обережный характер: называли человека «Чепурой» или «Чепухой», чтобы отвести от него беду, или же закрепляли за ним какую-то заметную черту — например, привычку говорить невпопад или рассказывать небылицы. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «чепука» — это мелкая деревянная стружка, щепа, и прозвище могли дать столяру или плотнику, работа которого была связана с щепой.

Фамилия Чепукин фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с такой фамилией в Вятском крае и в северных уездах. Это говорит о том, что фамилия не была дворянской или купеческой, а бытовала в крестьянской и ремесленной среде. Чепукины — не редкая, но и не массовая фамилия, распространённая преимущественно в Кировской, Нижегородской и соседних областях.

Однокоренные фамилии — Чепурин, Чепуров, Чепухин. Они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами, что отражает местные традиции словообразования. Чепукина — форма женского рода, которая закрепилась в официальных документах в XIX веке, когда фамилии стали передаваться по наследству и жёны и дочери получали фамилию отца с суффиксом -а.

Таким образом, Чепукина — фамилия, образованная от прозвища, которое, скорее всего, имело ироничный или обережный смысл, а её носители — выходцы из крестьян или ремесленников северных и центральных губерний России.