Фамилия Чергина — женская форма, а мужская, Чергин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин от основы, оканчивающейся на согласный. В данном случае основа — «Черга». Что означает это слово и откуда оно взялось — главный вопрос для этимолога.

Самая прямая и правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «черга». В южнорусских и украинских говорах так называют очередь, череду, а также порядок или смену. Прозвище Черга мог получить человек, который следил за очередностью в общине, распределял повинности или, наоборот, тот, кто постоянно «ходил чергой» — то есть по очереди выполнял какую-то работу. В некоторых регионах «чергой» называли также длинный ряд, вереницу — например, людей или скота. Такое прозвище могло закрепиться за зажиточным крестьянином, владевшим большим стадом, или за тем, кто жил на краю села, где дома стояли «чергой» (в линию).

Менее распространённая, но имеющая право на существование версия — связь с тюркским корнем. В тюркских языках «черга» (или «чырга») может означать «пятно», «рябь» или «пестрый». Если предок был, например, рябым от оспы или имел веснушчатую кожу, его могли прозвать Чергой. Однако эта гипотеза слабее: фамилия Чергин/Чергина встречается в основном в русских регионах, а не в зонах активного тюркского влияния, и бытовое славянское значение «очередь» выглядит естественнее для прозвища.

С точки зрения социального состава, фамилия не указывает на знатное происхождение. Суффикс -ин — типичный для крестьянских и мещанских фамилий центральной России. В документах XVII–XIX веков Чергины встречаются в основном среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний — Курской, Воронежской, Тамбовской. В этих краях слово «черга» было в ходу, и прозвище могло закрепиться за несколькими неродственными семьями, поэтому современные носители фамилии не обязательно являются потомками одного человека.

Таким образом, фамилия Чергина, скорее всего, происходит от прозвища, связанного с порядком, очередью или чередой дел. Носительница этой фамилии может считать, что её предки были людьми, отвечавшими за организованность в общине или просто жившими в определённом порядке — «чергой».