Фамилия Черкашенин — один из тех редких случаев, когда прозвище или указание на происхождение перешло в фамилию почти без изменений, сохранив старую словообразовательную модель. В основе лежит слово «черкашенин» — так в русских землях XVI–XVII веков называли выходца с Украины, черкаса. Дело в том, что в Московском государстве украинских казаков долгое время именовали «черкасами» (по городу Черкассы на Днепре, одному из центров казачества). Соответственно, «черкашенин» — это житель или уроженец тех мест.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — черкашенинов, то есть потомок того самого черкашенина. Такая модель типична для прозвищ, образованных от названий жителей местности: Москвитин, Болховитин, Тверитин. У фамилии Черкашенин нет суффикса -ов, который обычно присоединялся к именам или прозвищам на согласный, — здесь основа уже заканчивается на -ин, поэтому форма осталась «короткой», без дополнительного наращения.

С географической точки зрения фамилия Черкашенин не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в старых русских областях — на Севере, в Поволжье и на Урале. Туда в XVII–XVIII веках переселялись служилые люди и казаки с южных границ, и прозвище «Черкашенин» закреплялось за теми, кто пришёл с Украины. Со временем оно превратилось в фамилию, которую носили уже не только переселенцы, но и их потомки, давно обрусевшие.

В ономастических справочниках фамилию иногда путают с более поздней Черкашин, но это разные образования. Черкашин — от имени или прозвища Черкаш (с суффиксом -ин), а Черкашенин — прямое указание на происхождение, более архаичное. Встречаются варианты написания через «о» — Черкошенин, но это, скорее всего, диалектное или записанное на слух искажение. Единственное, что можно сказать с уверенностью: носитель фамилии Черкашенин почти наверняка имел предка, которого окружающие называли «черкашенином» — человеком, пришедшим с украинских земель.