Фамилия Чернобоков образована от прозвища, и в ней сразу слышны два корня: «черн-» (чёрный) и «бок». Такие составные прозвища на Руси давали по внешним приметам — человеку с тёмным пятном на боку, родинкой, шрамом или просто смуглой кожей, выделявшейся на одном боку. В отличие от более распространённых Чернобрового или Черноголового, Чернобоков встречается реже: модель «прилагательное + часть тела» с суффиксом -ов типична для русских фамилий, но именно «бок» как основа попадается нечасто.

Словообразовательная модель проста: основа «чернобок-» плюс патронимический суффикс -ов, который в XVI–XVII веках закреплял прозвище как наследственное. То есть предок носителя фамилии был известен как Чернобок, а его дети и внуки стали Чернобоковыми. Поскольку прозвище описывало конкретную черту, а не занятие, сословной привязки у фамилии нет: она могла возникнуть и у крестьянина, и у посадского человека, и у служилого.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным областям России — Украина, Курская, Воронежская, Ростовская области, где диалектное слово «бок» в прозвищах было употребительнее. На севере и в Сибири Чернобоковы встречаются реже, что косвенно указывает на миграцию из чернозёмных регионов. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в основном в однодворческих и крестьянских семьях, а в дворянских родословных почти не значится.

Споров о происхождении немного. Единственная альтернативная версия — от тюркского имени или прозвища (например, «кара-бока»), но она маловероятна: суффикс -ов и славянская основа «бок» говорят сами за себя. Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) относят фамилию к типичным описательным прозвищам русского населения.

Интересная деталь: фамилия Чернобоков могла быть и топонимической — от названия села или урочища Чёрный Бок (такие названия встречаются в Курской и Белгородской областях). В этом случае предок получил фамилию по месту жительства, а не по внешности. Обе версии имеют право на жизнь, и проверить, какая из них верна для конкретной семьи, можно только по архивным записям.