Фамилия Четуев образована от прозвища или неканонического имени Четуй. В её основе лежит, скорее всего, тюркское слово «чет» (в разных диалектах — «чуждый», «иной», «чужой») или же числительное «четыре» (дört). В первом случае прозвище могли дать пришлому человеку, не из местного рода. Во втором — оно могло указывать на четвёртого ребёнка в семье или быть частью сложного имени-оберега (например, Четуй как «четвёртый» по счёту, чтобы не привлекать внимание злых духов). Форма с суффиксом -ев указывает на принадлежность: Четуев — «сын Четуя».

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: основа на -уй даёт суффикс -ев (как Алтуев, Каратуев). Встречаются варианты с окончанием на -ин (Четуин), но они редки и, вероятно, вторичны. Фамилия не относится к числу распространённых, её географическая привязка — южные и поволжские регионы, где исторически был активен контакт с тюркскими народами. Встречается в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также на Северном Кавказе — у ногайцев и кумыков, что подтверждает её тюркские корни.

Спорных версий немного. Иногда Четуева пытаются связать с русским глаголом «четить» (устар. «почитать»), но эта гипотеза слабая: глагол редок и не дал продуктивной модели прозвищ. Правдоподобнее тюркское происхождение, тем более что в ономастических работах (например, у Н. А. Баскакова) подобные фамилии последовательно выводятся из тюркских антропонимов.

Сословно фамилия не маркирована: Четуевы могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (например, татарскими мурзами, перешедшими на русскую службу). Точных данных о дворянских родах с этой фамилией нет. В архивных записях XVII–XVIII веков Четуевы встречаются среди однодворцев и ясачных крестьян, что говорит о смешанном этническом происхождении носителей.