Фамилия Чикунаев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд в ней слышится что-то тюркское или кавказское, но словообразовательный разбор указывает на русскую почву, хотя и с нестандартным корнем.

Основа фамилии — «Чикун» (или «Чикунай»). Суффикс «-аев» типичен для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на мягкий согласный или «-ай». В данном случае мы имеем дело с формой «Чикунай» + «-ев», где «-а-» — часть основы, а не типичный русский суффикс. Такая модель встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и часто указывает на то, что прозвище бытовало в среде, где были сильны диалектные или иноязычные влияния.

Самое правдоподобное объяснение корня «Чикун» — звукоподражательное. В русских говорах «чикать» означает издавать резкий, отрывистый звук (как удар металла о металл или щелчок). «Чикун» — это тот, кто «чикает»: например, ножницами, оселком (точильным камнем), или просто человек с резкой, отрывистой речью. В некоторых диалектах «чикуном» называли птицу (возможно, разновидность кулика или трясогузку) — отсюда могло пойти прозвище по повадкам или внешности.

Версия о тюркском происхождении (например, от слова «чик» — граница, предел или «чикун» как искажённое личное имя) менее вероятна. Для фамилии на «-аев» тюркская основа обычно даёт более прозрачную связь (сравните: Чикунов — от «чик» + «ун»). В случае Чикунаева мы видим именно русскую адаптацию прозвища, а не прямое заимствование.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны севернорусские и среднерусские говоры (Вологодская, Архангельская, Костромская области). В этих местах слово «чикать» и его производные фиксируются в диалектных словарях. Носителем фамилии мог быть точильщик (человек, «чикающий» оселком по лезвию), портной («чикающий» ножницами) или просто обладатель прозвища за манеру говорить.

Сословного барьера у фамилии не было: прозвище «Чикун» могло закрепиться и за крестьянином, и за ремесленником. В письменных источниках XVII–XVIII веков эта фамилия почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании и, возможно, поздней записи (XIX век). Сравните с более частыми однокоренными фамилиями: Чикунов (от «чик» + «ун»), Чиков, Чикалов — они все от одного гнезда звукоподражаний, но Чикунаев стоит особняком из-за редкой модели образования.