Фамилия Чилий — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В русской ономастике она стоит особняком, и её корни, скорее всего, не славянские, а южноамериканские. Наиболее прямое объяснение — фамилия образована от названия государства Чили. Такое могло произойти, если предок носителя фамилии имел отношение к этой стране: был моряком, торговал с Чили, участвовал в экспедициях или просто получил прозвище «Чилиец» за смуглую кожу или экзотическую внешность. В Российской империи и СССР такие «географические» фамилии давали людям, побывавшим в дальних краях, или же они возникали стихийно в среде переселенцев.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с топонимом внутри России. В некоторых регионах (например, на Урале или в Сибири) есть мелкие речки и урочища с названием Чилий или Чиля. Тогда фамилия могла возникнуть от прозвища человека, жившего у такой реки — «Чилийский», со временем превратившегося в Чилий. Однако эта гипотеза слабая, так как подобные названия сами по себе редки и часто вторичны.

Суффикс -ий в фамилии Чилий — нетипичный для русской модели. Обычно русские фамилии имеют окончания -ов, -ин, -ский. Окончание на -ий характерно для украинских фамилий (например, Палий) или для фамилий, образованных от прилагательных. Здесь же мы видим чистую основу без патронимического суффикса, что указывает на позднее заимствование или искусственное происхождение. Фамилия могла быть записана в документах «как слышалась», без адаптации под стандартные русские окончания.

Таким образом, носитель фамилии Чилий с высокой вероятностью происходит из семьи, где предок был либо моряком дальнего плавания, либо получил прозвище по географическому признаку. В любом случае, это одна из тех фамилий, которая не связана с ремеслом или именем предка, а отражает конкретный географический факт из биографии далёкого предка.