Фамилия Чубарыкин образована от прозвища Чубарык — так в русских говорах могли называть человека с пёстрой, рябой внешностью. Корень здесь тот же, что у прилагательного «чубарый»: в старину так говорили о конской масти — светлой с тёмными пятнами, а потом перенесли и на человека с веснушками, неоднородным цветом кожи или волос. В словаре Даля «чубарый» зафиксирован именно в значении «пегий, пятнистый», и это слово долго бытовало в южнорусских и украинских говорах.

Суффикс -ык- в основе Чубарык — типичный для русских прозвищ уменьшительно-ласкательный, но здесь он скорее указывает на носителя признака: Чубарык — это «тот, кто чубар». А фамильный суффикс -ин принадлежит к древнейшей модели русских фамилий: он указывает на принадлежность к роду, на ответ на вопрос «чей?» — сын Чубарыка. Такая модель особенно характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как на -ов.

Интересная деталь: фамилия Чубарыкин стоит в ряду однокоренных — Чубаров, Чубарев, Чубариков, Чубарь. Но если Чубаров чаще связывают с украинским словом «чуб» (хохол, прядь волос), то Чубарыкин уходит корнями именно в масть, в цветовую характеристику. В ономастике это различие важно: оно показывает, что предок носителя фамилии получил прозвище не за причёску, а за внешность — возможно, за светлую кожу с россыпью веснушек или за седину вперемешку с тёмными волосами.

Встречаемость фамилии невысокая, и это тоже о многом говорит. Чубарыкины — скорее всего, выходцы из одной локальной группы, из района, где слово «чубарый» было в ходу. По данным современных телефонных справочников и баз, фамилия встречается в Волгоградской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — то есть на юге России, где говоры сохранили эту лексику. Сословного барьера фамилия не имела: прозвище могли дать и крестьянину, и казаку, и посадскому.