Фамилия Чубарыкина — женская форма от Чубарыкин, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. Суффикс -ын (в современном написании -ин) указывает на принадлежность: Чубарыкин буквально значит «сын Чубарыки» или «человек из рода Чубарыки». Основа же — прозвище Чубарыка. Это уменьшительно-ласкательная форма от прилагательного «чубарый», которое в русских говорах означало «пёстрый, крапчатый, с тёмными пятнами по светлой шерсти». Чаще всего так говорили о масти лошади: чубарый конь — с мелкими тёмными пятнами на белом или сером фоне, похожий на далматинца.

Прозвище Чубарыка могли дать человеку с рябым лицом, веснушками или необычной, пёстрой одеждой. Но есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «чубарый» связывали с «чубом» — длинной прядью волос, которую носили запорожские казаки. Однако связь тут скорее фонетическая, чем смысловая: «чуб» дал фамилии Чубаров, Чубатый, а «чубарый» — самостоятельное слово, родственное, возможно, тюркскому «чабар» (пёстрый). Поскольку прозвище Чубарыка образовано с уменьшительным суффиксом -ык-, оно могло относиться к молодому или невысокому человеку с такой внешностью или прозвищем.

Географически фамилия Чубарыкин встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших казачьих областях — на Дону и Кубани. Там коневодство и масти лошадей были частью повседневной речи, и прозвища по масти давали легко. Сословно предки Чубарыкиных скорее всего были крестьянами или однодворцами, но точных данных о дворянских корнях нет — фамилия не фигурирует в родословных книгах. В сравнении с однокоренными Чубаровым или Чубарым, Чубарыкин выделяется именно уменьшительной формой, что указывает на более личное, даже ласковое прозвище в основе.