Фамилия Чубирин — одна из тех, что звучат нестандартно для русского уха, и дело тут не в корне, а в суффиксе. Если бы она была образована по самой частой модели, мы бы имели Чубиров или Чубирев. Вместо этого мы видим суффикс -ин, который обычно присоединяется к основам на -а/-я (типа Кузьмин, Ильин). Но здесь основа — Чубир- (или Чуб- с наращением -ир-), что сразу наводит на мысль: перед нами либо прозвище, либо вариант фамилии, записанной «на слух» в условиях, где -ов и -ин путали.

Разбираем корень. Основа «Чуб» в русских говорах — это не только прядь волос или хохол, но и, по Далю, «кисть, махор, висячий пучок», а также «козырек» у шапки. Прозвище Чуб давали человеку с заметной шевелюрой, а Чубир — это уже производное от Чуба с помощью суффикса -ир-, который в северных и сибирских говорах мог придавать слову оттенок пренебрежения или просто указывать на предмет по характерному признаку. Чубирь — это буквально «тот, у кого чуб» или «чубан». Отсюда Чубирин — «сын Чубири» или «из рода Чубирей».

Версия с тюркским следом выглядит слабее. В тюркских языках есть слово «чубур» (пестрый, рябой), но фамилия Чубирин не вписывается в типичную тюркскую модель на -ин (там скорее Чубуров). Правдоподобнее, что это чисто восточнославянское прозвище, зафиксированное в районах Русского Севера или Вятки, где любили суффикс -иря/-уря (сравните: Косырь от Косой, Губырь от Губа). Со временем «Чубиря» превратилось в «Чубирин» по аналогии с фамилиями на -ин.

Социально носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов Чубириных в истории не прослеживается — это фамилия «низовая», бытовая, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или повадкам. Встречается она редко, и это как раз тот случай, когда по одной фамилии можно судить о локальной особенности словообразования, нехарактерной для центральных областей России.