Фамилия Чуфарина — женская форма, мужская — Чуфарин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Чуфар, Чуфара. Слово «чуфар» в русских говорах имело несколько значений, но самое вероятное связано с диалектным «чуфырить» — то есть прихорашиваться, наряжаться, чиститься. Чуфарой могли прозвать щеголя, человека, который слишком много внимания уделял внешности, или, наоборот, того, кто суетился, «чуфырился» без дела. В некоторых областях «чуфар» означало также неопрятного, взлохмаченного человека — значение могло качнуться в противоположную сторону.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Чуфарин — это «сын Чуфара» или «люди Чуфара». Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко распространены. Встречается она и в южнорусских областях, но реже. Географически Чуфарины чаще всего фиксируются в Поволжье, особенно в Нижегородской и Саратовской губерниях, а также на Урале. В переписях XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией, что говорит о её простонародном происхождении.

Однокоренные фамилии — Чуфаров, Чуфаркин, Чуфырев. У них общая основа, но разные суффиксы. Чуфаров, например, образован через -ов, что типичнее для юга и востока. Чуфырев — от глагольной формы «чуфырить», то есть от действия, а не от имени. Фамилия Чуфарина, таким образом, стоит в ряду прозвищных фамилий, которые описывали внешность или поведение человека, а не его занятие.

В этимологических словарях иногда связывают «чуфар» с тюркскими заимствованиями, где «чуф» могло означать «пара» или «чета», но для русской фамилии эта версия менее убедительна — нет устойчивой традиции таких имён в тюркской среде. Скорее всего, корень чисто русский диалектный, и фамилия не старше XVII века.