Фамилия Даняев образована от личного имени Даняй. В её основе, скорее всего, лежит народная форма крестильного имени Даниил, которое в переводе с древнееврейского означает «Бог — мой судья». Модель образования проста: к имени Даняй прибавился типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Даняев, то есть сын Даняя). Таких фамилий, возникших из разговорных вариантов канонических имён, в русском языке множество: Иван — Иваев, Петр — Петяев, Михаил — Михаяев.

Существует и альтернативная версия, связывающая имя Даняй с мордовским вариантом арабского имени Данай, которое означает «прославленный». Эта гипотеза не лишена оснований: фамилия Даняев встречается в Поволжье, в регионах с давним финно-угорским населением (Мордовия, Татарстан, Ульяновская область), где межэтнические контакты могли привести к заимствованию имён. Однако более вероятным остаётся происхождение от Даниила: имя было широко распространено у русских, а мордовский вариант мог возникнуть уже под влиянием христианской традиции.

Сама фамилия — сравнительно редкая. Её носители, судя по доступным данным, в основном сосредоточены в центральной России и Среднем Поволжье. В дореволюционных источниках Даняевы могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия не указывает на принадлежность к определённому сословию, а лишь фиксирует имя или прозвище родоначальника.