Фамилия Денежникова образована от прозвища Денежник. В словаре Владимира Даля «денежник» — это прежде всего «мастер-монетчик», то есть чеканщик монет. Скорее всего, предок носителей этой фамилии занимался именно таким ремеслом — работал на монетном дворе. Однако у слова были и другие значения. Денежником называли и кошелёк, сумку для денег, и даже травянистое растение из семейства зонтичных. Поэтому не исключено, что прозвище мог получить мастер по изготовлению кошельков или, что менее вероятно, собиратель трав и знахарь. Самая правдоподобная версия — профессиональная, связанная с чеканкой: в средневековой Руси монетное дело было заметным и уважаемым занятием, и прозвище по нему давали часто.

В исторических документах XV века встречается Денежникова Давид Данилов, писарь из города Мурома (запись 1455 года). Это один из ранних примеров бытования фамилии, причём уже в форме женского рода. Сама фамилия образована по стандартной русской модели: к основе «Денежник» добавился суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Денежников), а затем женское окончание -а. Таким образом, Денежникова — это буквально «жена или дочь Денежникова». Мужской вариант фамилии — Денежников.

Фамилия довольно редкая. Её основа не относится к самым распространённым прозвищам, что делает её ценной для семейной истории: она напрямую указывает на конкретное занятие предка, а не на отвлечённую черту характера или внешности. По сословной принадлежности Денежниковы могли быть как посадскими людьми (ремесленниками, мастерами), так и, учитывая упоминание писаря, служилыми или приказными — монетное дело и письмоводство в те времена нередко пересекались.