Фамилия Денищенко образована от просторечной формы имени Денис — Дениша. Такие «домашние» варианты имени (Дениша, Денишка, Денисей) в старину были распространены в крестьянской и мещанской среде, где полное имя использовали реже, а в быту звали сокращённо или ласково. Поэтому, скорее всего, основатель рода Денищенко был выходцем из простого сословия, а сама фамилия буквально понималась как «сын Дениши».

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия типична для украинского и южнорусского ареала. Суффикс -енко, один из самых распространённых в этой зоне, указывает на родство по отцу (как и русские -ов/-ев или -ин). Если бы фамилия возникла в северных или центральных русских землях, она, скорее всего, звучала бы как Денишин или Денисов. А вот форма Денищенко — с характерным чередованием «ш» на «щ» (Дениша → Денищенко) — выдаёт регион бытования: это земли современной Украины, Белгородской, Курской, Воронежской областей, где подобные патронимы на -енко были основным типом фамилий.

Интересно, что имя Денис, от которого всё пошло, имеет древнегреческие корни и восходит к имени Дионисий — в честь бога виноделия и плодородия. В христианской традиции это имя получило распространение благодаря святому Денисию (Дионисию) Ареопагиту. Однако в народной среде книжная форма Дионисий почти не прижилась — её вытеснил упрощённый вариант Денис, а от него уже пошли многочисленные уменьшительные формы, в том числе и Дениша.

Таким образом, фамилия Денищенко — это не просто производное от имени, а маркер социального происхождения и географического корня. Она говорит о том, что предки носителя жили на юге или юго-западе Руси, были людьми «простого звания» и в быту пользовались не официальным полным именем, а его обиходным вариантом.