Фамилия Денькова — женская форма, мужской вариант — Деньков. Она образована от полного имени Денька. В русской ономастике это не уменьшительная форма (вроде Дениска от Денис), а самостоятельное нецерковное имя. Имя Денька в древнерусских документах встречается с XV века: его давали ребёнку, родившемуся днём, или тому, кто был «денным», то есть светлым, ясным. Словарь Веселовского «Ономастикон» фиксирует крестьянина Деньку в Новгородской земле (1495 год). Отсюда и фамилия: сын Деньки становился Деньковым, дочь — Деньковой.

Суффикс -ов/-ев в этой модели типичен для русских фамилий, образованных от имени или прозвища на согласный. Географически Деньковы чаще всего встречаются в центральных и северных областях России — бывших владениях Новгорода и Владимиро-Суздальского княжества. В переписях XVII–XVIII веков Деньковы записаны как крестьяне и посадские люди в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с ремеслом. В южных говорах «денька» могла означать меру веса или монету, но документальных подтверждений, что от этого слова образовалась фамилия, нет. Также стоит отбросить гипотезу о происхождении от «деньги»: безударная гласная в корне другая, а суффикс -к- в основе имени указывает скорее на личное прозвище, чем на предмет.

Таким образом, Деньковы — потомки человека, которого в быту звали Денькой. Фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянских родов, но сохранилась в крестьянской среде Русского Севера.