Фамилия Деньковская звучит как типичная «географическая» фамилия польско-украинско-белорусского пограничья. Её основа — топоним Деньково, Деньков или Деньковка. Таких названий в Восточной Европе несколько: например, деревня Деньково есть в Тверской области, а Деньковка — в Черниговской области Украины. Фамилии на -ский/-ская в массе своей указывают на владельческое село или место происхождения: если человек был родом из Денькова или владел им, его потомки получали прозвание «Деньковский».

Корень «Деньк-» неочевиден. Скорее всего, он восходит к личному имени Денька — уменьшительной форме от Денис (через народное Дениско > Денька). В русских говорах «денька» могло быть и прозвищем от слова «день» (например, человек, связанный с дневной работой, или же получивший имя по дню рождения). Но более правдоподобна версия с именем: Денько — распространённое в старину западнорусское сокращение от Дементий или Денис. Суффикс -овск-/-евск- в фамилии указывает на притяжательность: «принадлежащий Деньку».

Женская форма Деньковская образована по той же модели, что и мужская Деньковский. В среде польской шляхты и украинской казацкой старшины фамилии на -ский были маркером благородного происхождения, но к XIX веку они широко распространились и среди крестьян, особенно после отмены крепостного права, когда многим давали фамилии по названию деревни.

Встречаемость фамилии невысокая. В России она чаще фиксируется в западных областях и в Сибири (куда переселенцы уходили из малоземельных губерний). На Украине — в Черниговской и Сумской областях, что совпадает с ареалом топонимов Деньковка. Фамилия Деньковский (мужской вариант) известна в польских метриках XVI–XVII веков, что подтверждает её шляхетские корни, хотя со временем она обрусела или обукраинилась.