Фамилия Дергуновы (в мужском варианте Дергунов) образована от личного прозвища Дергун. Это типичная русская фамилия, построенная по модели «прозвище + суффикс -ов», который указывал на принадлежность к роду: «сын Дергуна».

Прозвище Дергун многозначно. Самая прямая версия отсылает к человеку, страдавшему недугом, который вызывал судороги или постоянное подергивание мышц. Однако в народе это слово нередко использовали иронично — так могли прозвать кривляку, насмешника или просто человека с резкими, дергаными движениями. В некоторых русских говорах «дергуном» называли деревянный или железный крюк, которым выдергивали сено из стога. Если прозвище пошло от этого предмета, то его мог получить сутулый, долговязый или неуклюжий человек — по ассоциации с формой или работой инструмента.

Словообразовательная модель фамилии проста и характерна для центральных и северных областей России: основа «Дергун» плюс патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что предок Дергуновых был известен в своей общине именно под этим прозвищем.

Первое документальное упоминание фамилии относится к концу XV века. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Дергунов Тимофей, крестьянин, 1495 год, Новгород. Это одно из ранних свидетельств бытования фамилии в новгородских землях, где процесс закрепления прозвищ в качестве родовых имен шел очень активно. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно, так как фамилии формировались постепенно, но именно новгородская запись дает наиболее надежную привязку к географии и социальной среде: предки Дергуновых были крестьянами.