Фамилия Дейнегина образована от прозвища Дейнега. В основе этого прозвища лежит исторический термин XVII века: дейнегами называли украинских казаков, вооружённых дубиной (от польского dzięga — «дубина», «палка»). Царское правительство привлекало таких казаков для охраны границ и участия в войнах, поэтому слово было хорошо известно в южнорусских и украинских землях. Прозвище Дейнега закреплялось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Фамилия построена по типичной для русского языка модели с суффиксом -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Дейнегина — «дочь (или жена) Дейнеги» и, шире, «потомок Дейнеги». Так представитель рода Дейнегиных может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении индивида и его предка-казака.

Примечательно, что ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Дейнéгина. Это отличает её от схожих по звучанию фамилий, образованных от слова «деньга», где ударным был бы первый слог. Редкая основа с корнем, восходящим к военному прозвищу, делает фамилию Дейнегина заметной среди прочих отчественных фамилий — она напрямую отсылает к конкретному социальному типу и эпохе пограничных войн XVII столетия.