Фамилия Долганин построена по простой и ясной модели: к основе Долган- добавляется типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Долганин, то есть сын или потомок Долгана). Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ и личных имён, и широко распространена в северных и центральных регионах России.

Само прозвище Долган в русских говорах означало «рослый, высокий человек». Оно напрямую указывало на физическую особенность — выдающийся рост предка. Однако здесь возникает интересный поворот: слово «долган» созвучно названию тюркоязычного народа долганов, живущего на Таймыре. Вполне вероятно, что в некоторых случаях прозвище могло быть этническим — так русские могли называть человека, имевшего отношение к этой народности или внешне на неё похожего. Обе версии имеют право на существование, и выбор между ними зависит от конкретной семейной истории и региона, где фамилия появилась впервые.

С точки зрения словообразования, фамилия Долганин стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Высотин, Толстихин или Широков, где в основе лежит признак внешности. Но в отличие от них, у Долганина есть дополнительный этнический «слой», что делает её особенно интересной для этимологического анализа. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из областей, где проходили контакты славянского и тюркского населения.