Фамилия Долганенко — характерный пример восточнославянской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, особенно распространённый на территории современной Украины и южных областей России, изначально имел уменьшительное или «детское» значение, то есть Долганенко — это буквально «маленький Долган» или «сын Долгана». Основа фамилии — прозвище Долган.

Прозвище Долган, в свою очередь, восходит к прилагательному «долгий». В древнерусском языке это слово имело два основных значения: «длинный» (о росте или предмете) и «долгий» (о времени). Чаще всего прозвище Долган давали высокому, долговязому человеку. Это одна из самых простых и наглядных антропонимических характеристик, по которой в старину отличали людей: Долган — длинный, Мал — короткий, Толстой — полный. Реже, но тоже возможно, что прозвище могло указывать на медлительность или «долгую» речь, хотя версия с ростом выглядит первичной и более логичной.

Географически фамилия Долганенко тяготеет к левобережной Украине и прилегающим областям России (Белгородская, Курская, Воронежская). Встречаются и однокоренные фамилии, образованные от того же прозвища, но с другими суффиксами: Долганов (более северный, «великорусский» вариант), Долгачёв, Долгановский. Суффикс -енко в фамилии Долганенко — это маркер, который сразу указывает на её происхождение из среды казачества или крестьянства Малороссии, где эта модель в XVI–XVII веках стала доминирующей для обозначения потомка по отцу.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто закреплялись за крестьянами после отмены крепостного права, фамилии на -енко могли фиксироваться раньше, особенно в реестрах Войска Запорожского. Таким образом, предок человека с фамилией Долганенко, вероятнее всего, был либо запорожским или слободским казаком, либо крестьянином, которого окружающие знали как «Долгана» — за высокий рост, и это прозвище перешло к его детям как наследственное имя рода.