Фамилия Долгинцов — наглядный пример того, как русская фамилия может хранить память о внешности или росте своего первого носителя. Её основа — прозвище Долгинец. В русских говорах так могли называть человека высокого роста, «долгого», то есть длинного. Суффикс -ец в прозвище выполнял ту же роль, что и в словах «хитрец» или «мудрец»: он выделял характерный признак человека и превращал прилагательное в существительное. Прозвище Долгинец означало «длинный человек», «высокий».

Словообразовательная модель здесь не самая частая. Фамилии на -ов, образованные от прозвищ с суффиксом -ец, встречаются реже, чем, например, от прозвищ на -а или -я. Сравните: Долгинцов и, скажем, Долгушин (от Долгуша). В первом случае мы видим более архаичный, книжный или северный вариант образования. Фамилия Долгинцов — это буквально «сын Долгинца», то есть потомок того самого высокого человека.

В ономастике существует и другая версия, менее вероятная. Некоторые исследователи связывают основу с топонимом — названием села или реки Долгая, Долгинец. Такие названия встречаются в разных регионах, особенно на Русском Севере и в Сибири. В этом случае Долгинцов — это человек, выходец из такого места. Однако против этой версии говорит то, что прозвищная модель «признак + -ец» для русского языка гораздо органичнее, чем топонимическая «Долгинец» в качестве названия жителя. Если бы фамилия была образована от названия деревни, мы бы скорее ждали форму Долгинский или Долгинцев (с другим ударением и суффиксом).

Интересно, что фамилия Долгинцов не принадлежит к числу массовых. Она редкая и имеет ярко выраженную севернорусскую окраску. По данным переписей и архивов, её носители традиционно проживали в Архангельской, Вологодской областях и в Забайкалье, куда в XVII–XVIII веках переселялись поморы. Это подкрепляет версию о прозвище: на Севере, где люди занимались промыслами и мореходством, физическая стать была заметным и важным качеством, которое легко закреплялось в прозвище. В сословном отношении предки Долгинцовых скорее всего были государственными или черносошными крестьянами, реже — посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано.