Фамилия Долгоногова — женская форма от Долгоногов, и её происхождение прозрачнее, чем у многих русских фамилий. В основе лежит прозвище Долгоног, которое в прямом смысле закрепилось за человеком с длинными ногами. В крестьянской среде такие прозвища давали по заметной внешней черте, и они легко становились фамилиями, когда при переписях или в рекрутских списках человека записывали как «Иван Долгоног», а его детей — «Долгоноговы».

Словообразовательная модель типична для восточнославянских фамилий: притяжательный суффикс -ов присоединили к основе прозвища. Окончание -а в женской форме указывает на принадлежность: «чьих будете?» — «Долгоноговы», то есть из семьи человека по прозвищу Долгоног. Никаких редких суффиксов или диалектных усечений здесь нет, что говорит о сравнительно позднем оформлении фамилии — скорее всего, не раньше XVII–XVIII веков, когда такие «прямые» прозвища массово превращались в наследственные фамилии.

Интересно, что фамилия Долгоногова почти не встречается в южных регионах России, где для длинноногих людей чаще использовали прозвища вроде Длинный или Высокий. Её ареал — преимущественно северные и центральные области, особенно бывшие Новгородские и Вологодские земли. В писцовых книгах XVII века попадаются крестьяне с прозвищем Долгоног, но фамилия в полном виде закрепилась в основном в среде государственных крестьян и однодворцев, где фамилии образовывали по самому простому принципу — от уличного прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Долгоруков, Долгополов, Долгонос — показывает, что все они построены по одной схеме: сложение двух корней (долг- и часть тела) плюс суффикс принадлежности. Но если Долгоруковы могли быть потомками князей (здесь есть известная боярская линия), то Долгоноговы — фамилия бесспорно народная, без аристократического следа. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении этой фамилии нет, и в родословных книгах она не значится.