Фамилия Доникэ — редкий пример восточно-романского (молдавского или румынского) наследия в русском ономастиконе. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не заканчивается на типовой суффикс -ов, -ев или -ин, а сохраняет исконное окончание -э, что сразу выдает её происхождение. Носители фамилии Доникэ — это, как правило, потомки выходцев из исторической Бессарабии или Молдавского княжества, переселившихся в Российскую империю в XIX–XX веках.

Основа фамилии — молдавское (румынское) слово «donică», что означает «вазон», «горшок для цветов». В переносном смысле так могли прозвать горшечника, гончара или человека, торгующего керамикой. Другая, менее вероятная версия связывает корень с уменьшительной формой от имени Дон (Донат) — через суффикс -икэ, характерный для румынской антропонимии. Однако прозвищная, ремесленная этимология выглядит убедительнее: в молдавских говорах слово «donică» бытовало именно как бытовое название посуды, и мастер, делавший горшки, легко мог получить такое прозвище.

Морфологически фамилия образована без патронимического суффикса, что типично для румынской модели: прозвище или профессия просто закрепились как наследственное имя. В русских документах XIX века такие фамилии часто русифицировали, добавляя окончание -ов или -ев (например, Доникев), но вариант Доникэ сохранился у тех, кто не утратил связи с исходной культурой. Встречается она в основном на юге России, в Приднестровье, Одесской области и в Молдове.

С точки зрения социального контекста, фамилия Доникэ указывает на крестьянское или ремесленное происхождение: гончарное дело в Молдавии было распространённым, но не дворянским занятием. Дворянские фамилии этого региона обычно оканчивались на -еску или -яну. Так что предки современных Доникэ — скорее всего, сельские мастера или торговцы, чьё прозвище стало родовым именем.